Theo Bộ GTVT, từ các vướng mắc liên quan tiến độ, thủ tục phê duyệt phương án GPMB của địa phương chậm trễ dẫn đến nguồn vốn trái phiếu chính phủ cho dự án được bố trí từ năm 2016 đã phải kéo dài sang các năm 2017, 2018 và không được cấp có thẩm quyền cho phép tiếp tục kéo dài. Đồng thời, Chính phủ đã trình Quốc hội quyết toán nguồn vốn của dự án, thu hồi về ngân sách nhà nước và dự án không được đưa vào danh mục kế hoạch đầu tư công trung hạn giai đoạn 2021 - 2025.số xo miền nam